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【央视新闻客户端】
实验方法原理 幼嫩组织的细胞处于旺盛的分裂阶段,细胞核较大而细胞质较少 ,核酸浓度高,且内含物少,次生代谢产物少 ,蛋白质及多糖类物质相对较少,在SDS或CTAB物质存在时,经机械研磨 ,使细胞破裂释放出内含物,提取的DNA 、RNA的产量高,纯度好。提取DNA所用的提取液、吸头、离心管等需要高压灭菌以灭活Dnase。DNA定量分析可采用紫外光谱分析法。原理是DNA分子在260nm处有特异的紫外吸收峰 ,且吸收强度与DNA的浓度成正比 。此外,还可以通过琼脂糖凝胶电泳上显示的DNA带的亮度来分析,因为EB作为一种荧光染料,能插入DNA的碱基对平面之间而结合于其上 ,在紫外光的激发下产生荧光,DNA分子上EB的量与DNA分子的长度和数量成正比。
实验内容和实验步骤
1.提取DNA
(1)提取DNA所用的提取液、吸头 、离心管等需要在高压灭菌锅中121℃(约1.1 kg/cm2)高压灭菌20 min。
(2)用液氮将50mg 幼嫩叶片研磨成细粉,置于1.5ml 离心管中加入预热至65℃的600μl 的CTAB提取液 ,轻摇混匀 。
(3)65℃水浴1小时,其间轻摇混匀。
(4)12000rpm离心10min,取上清转移至另一1.5ml 离心管中。
(5)向上清液中加入等体积的酚/氯仿/异戊醇(25:24:1) ,轻轻混匀10min,然后12000rpm离心10min,再转移上清入新管 。
(6)向上清液加入等体积的氯仿/异戊醇(24:1) ,轻轻混匀10min,然后12000rpm离心10min,再转移上清入新管。
(7)向上清液中加1/10体积的3M NaAC (pH5.2) ,等体积的冷异丙醇,小心混匀。12000rpm离心10min,弃上清 。
(8)用70%乙醇洗涤沉淀一次,12000rpm离心 ,弃上清。
(10)将沉淀在超净工作台上吹干,加50μl TE (pH8.0)室温溶解。
电泳检测或用紫外分光光度计检测DNA的浓度和质量 。
粗提取植物DNA的实验步骤和原理
提取基因组DNA和细胞核DNA是不同的方法
提取细胞核要先把细胞破碎分离出细胞核,要在甘油或其他保护剂中进行
SDS十二烷基磺酸钠:可破坏细胞膜、核膜 ,并使组织蛋白与DNA分离
CATB是一种抽提液,破坏细胞膜的~具体忘了~
DNA不溶于异丙醇,异丙醇可以析出DNA ,产生白色絮状沉淀,用枪头挑出就可以了
以下是一些具体方法,希望有用
基因组DNA提取方法
制备基因组DNA是进行基因结构和功能研究的重要步骤 ,通常要求得到的片段的长度不小于100-200kb。在DNA提取过程中应尽量避免使DNA断裂和降解的各种因素,以保证DNA的完整性,为后续的实验打下基础。主要是CTAB方法 ,其他的方法还有1物理方式:玻璃珠法,超声波法,研磨法,冻融法。2化学方式:异硫氰酸胍法,碱裂解法3生物方式:酶法 。根据核酸分离纯化方式的不同有:硅质材料、阴离子交换树脂等
试验步骤:
1 、贴壁细胞用胰酶消化,离心收集。
2、细胞重悬于冰冷的PBS漂洗一次,离心收集。试验步骤2再重新作一边 。
3、加入5mlDNA提取缓冲液,(10mmol/LTris-cl,0.1mol/LEDTA,o.5%SDS),混匀。
4 、加入25ul蛋白酶K,使终浓度达到100ug/ml,混匀 ,50℃水浴3h,
5、用等体积的酚抽提一次,2500rpm离心收集水相,用等体积的(酚 ,氯仿,异戊醇)混合物抽提一次,2500r/min离心收集水相
6、用等体积的氯仿 ,异戊醇抽提一次。加入等体积的5mol/L的LiCL,混匀,冰浴,10min. 。
7 、2500rpm离心10min.转上清于一离心管中。加入等体积的异丙醇。室温10min 。
2500rpm,离心10min。弃上清。
8、加入0.1倍体积3mol/L乙酸钠(PH5.2)与2倍体积-20℃预冷无水乙醇 。-20℃20min。
9、12000r/min,室温离心5min。弃上清。将DNA溶于适量TE中 。
外周血DNA提取技术
分离外周血白细胞提取方法:
试验步骤:
1 、取人肘静脉血5ml ,EDTA抗凝,2500rpm离心10min。
2、小心吸取上层血浆,分装到3个0.5ml离心管中。
3、在血细胞中加入3倍体积的溶血液 ,摇匀,冰浴15min 。
4、2500rpm离心10min,弃上清。
5 、加入10ml溶血液,摇匀 ,冰浴15min。
6、3000rpm离心10min,弃上清 。
7、倒置离心管,去掉残液。
8 、得白细胞 ,-80?C冻存。
试验要求:
血至分离白细胞之间隔时间在室温下放置不超过2h,4℃放置不超过5h,以防白细胞自溶 。
氯仿法抽提外周血白细胞基因组DNA:
试验试剂:
Ligsisbuffer:
133mMNH4ClNHCl7.12g0.9mMNH4HCO3NH4HCO30.071g0.1mMEDTA0.5mMEDTA0.2ml;最后加灭菌去离子水至1000ml ,高压灭菌。
ACD抗凝剂:柠檬酸1.68g柠檬酸钠4.62g葡萄糖5.15g;最后加灭菌去离子水至350ml,高压灭菌。
提取缓冲液(Extractionbuffer):
10mMTrisCl(PH=8.0)1MTris.Cl(PH=8.0)1ml0.1mMEDTA(PH=8.0)0.5mMEDTA(PH=8.0)20ml0.5%SDS10%SDS0.5ml;最后加灭菌去离子水至100ml,高压灭菌
试验步骤:
1、在500μl抗凝血中加入ligsisbuffer1000μl ,充分颠混至清亮 。以4000rpm,离心5min。弃上清液。
2、沉淀中加入ligsisbuffer1500μl,充分匀浆。以6000rpm ,离心5min 。
3 、彻底弃去上清,加入extractionbuffer500μl(裂解细胞),混匀置于37℃,水溶1h。
4、加入8μl的蛋白酶K ,颠混,37℃过夜(或55℃,3h ,但是37℃效果要好些)。
5、每管加入450μl饱和酚(取溶液下层)缓慢摇晃10min,以5500rpm,离心15min 。
6 、取上清 ,每管加入250μl饱和酚和250μl氯仿-异戊醇,摇匀10min,以5500rpm ,离心15min。
7、取上清,每管加入500μl氯仿-异戊醇,摇匀10min ,以5500rpm,离心15min。
8、取上清,每管加50μl的3M的NaAC+,适量无水乙醇(预冷)至满 ,摇匀放入-20℃保存2h以上 。
9 、以12000rpm,离心20min。去上清,加入70%乙醇500μl ,以12000rpm,离心5min,去上清 ,50-60℃干燥。
10、加入50μl灭菌去离子水,转弹,混匀 。
NaI提取法提取外周血白细胞基因组:
实验步骤:
1、取外周抗凝血(全血)100ul于eppendorf管中 ,12000rpm离心12min。
2、弃上清,加双蒸水200ul溶解,摇匀20s。
3 、混匀后加6MNaI溶液200ul ,摇匀20s 。
4、加入氯仿/异戊醇(24:1)400ul,边加边摇,摇匀20s,12000rpm离心12min。
5、取上层液350ul ,加入另一新eppendorf管中,加0.6倍体积异丙醇,摇匀20s ,室温放置15min,静置后的反应体系15000rpm离心12min,使沉淀紧贴eppendorf管壁。
6 、弃异丙醇 ,加70%乙醇1ml(不振动),以15000rpm离心12min。
7、弃乙醇,敞开eppendorf管盖 ,烘干(37℃恒温箱)后,加1xTE溶液30ul,溶解DNA>12h以上 ,制成的DNA液-20℃冰箱保存备用 。
常用的外周血白细胞基因提取方法:
试验原理:
苯酚/氯仿提取DNA是利用酚是蛋白质的变性剂,反复抽提,使蛋白质变性,SDS(十二烷基磺酸钠)将细胞膜裂解 ,在蛋白酶K、EDTA的存在下消化蛋白质或多肽或小肽分子,核蛋白变性降解,使DNA从核蛋白中游离出来。DNA易溶于水 ,不溶于有机溶剂。蛋白质分子表面带有亲水基团,也容易进行水合作用,并在表面形成一层水化层 ,使蛋白质分子能顺利地进入到水溶液中形成稳定的胶体溶液 。当有机溶液存在时,蛋白质的这种胶体稳定性遭到破坏,变性沉淀。离心后有机溶剂在试管底层(有机相) ,DNA存在于上层水相中,蛋白质则沉淀于两相之间。酚-氯仿抽提的作用是除去未消化的蛋白质 。氯仿的作用是有助于水相与有机相分离和除去DNA溶液中的酚。抽提后的DNA溶液用2倍体积的无水乙醇在1/103mol/LNaCl存在下沉淀DNA,回收DNA用70%乙醇洗去DNA沉淀中的盐 ,真空干燥,用TE缓冲液溶解DNA备用。
试验步骤:
1 、将1mlEDTA抗凝贮冻血液于室温解冻后移入5ml离心管中,加入1ml磷酸缓冲盐溶液(PBS),混匀 ,3500rpm离心15min,倾去含裂解红细胞的上清 。重复一次。用0.7mlDNA提取液混悬白细胞沉淀,37℃水浴温育1h。
2、将上述DNA提取液混悬白细胞,37℃水浴温育1h后 ,加入1mg/ml蛋白酶K0.2ml,至终浓度为100-200ug/ml,上下转动混匀,液体变粘稠 。50℃水浴保温3h,裂解细胞 ,消化蛋白。保温过程中,应不时上下转动几次,混匀反应液。
3、反应液冷却至室温后 ,加入等体积的饱和酚溶液,温和地上下转动离心管5-10min,直至水相与酚相混匀成乳状液。5000rpm离心15min ,用大口吸管小心吸取上层粘稠水相,移至另一离心管中 。重复酚抽提一次。加等体积的氯仿:异戊醇(24:1),上下转动混匀,5000rpm离心15min ,用大口吸管小心吸取上层粘稠水相,移至另一离心管中。重复一次 。
4 、加入1/5体积的3mol/LNaAc及2倍体积的预冷的无水乙醇,室温下慢慢摇动离心管 ,即有乳白色云絮状DNA出现。用玻璃棒小心挑取云絮状的DNA,转入另一1.5ml离心管中,加70%乙醇0.2ml ,以5000rpm离心5min。洗涤DNA,弃上清,去除残留的盐 。重复一次。室温挥发残留的乙醇 ,但不要让DNA完全干燥。加TE液20ul溶解DNA,置于摇床平台缓慢摇动,DNA完全溶解通常需12-24h 。制成的DNA液-20℃冰箱保存备用。
真核细胞DNA的制备
一般真核细胞基因组DNA有107-9bp,可以从新鲜组织、培养细胞或低温保存的组织细胞中提取 ,常是采用在EDTA以及SDS等试剂存在下用蛋白酶K消化细胞,随后用酚抽提而实现的。这一方法获得的DNA不仅经酶切后可用于Southern分析,还可用于PCR的模板、文库构建等实验 。
根据材料来源不同,采取不同的材料处理方法 ,而后的DNA提取方法大体类似,但都应考虑以下两个原则:
1 、防止和抑制DNase对DNA的降解。
2、尽量减少对溶液中DNA的机械剪切破坏。
试剂准备:
1、TE:10mMTris-HCl(pH7.8);1mMEDTA(pH8.0)。
2、TBS:25mMTris-HCl(pH7.4);200mMNaCl;5mMKCl 。
3 、裂解缓冲液:250mMSDS;使用前加入蛋白酶K至100mg/ml。
4、20%SDS
5、2mg/ml蛋白酶K
6 、Tris饱和酚(pH8.0)、酚/氯仿(酚∶氯仿=1∶1)、氯仿
7 、无水乙醇、75%乙醇
试验步骤:
材料处理:
1、新鲜或冰冻组织处理:
1)取组织块0.3-0.5cm3,剪碎,加TE0.5ml ,转移到匀浆器中匀浆。
2)将匀浆液转移到1.5ml离心管中 。
3)加20%SDS25ml,蛋白酶K(2mg/ml)25ml,混匀。
4)60°C水浴1-3hr。
2 、培养细胞处理:
1)将培养细胞悬浮后 ,用TBS洗涤一次 。
2)离心4000g×5min,去除上清液。
3)加10倍体积的裂解缓冲液。
4)50-55°C水浴1-2hr 。
DNA提取:
1、加等体积饱和酚至上述样品处理液中,温和、充分混匀3min。
2 、离心5000g×10min ,取上层水相到另一1.5ml离心管中。
3、加等体积饱和酚,混匀,离心5000g×10min ,取上层水相到另一管中 。
4、加等体积酚/氯仿,轻轻混匀,离心5000g×10min,取上层水相到另一管中。如水相仍不澄清 ,可重复此步骤数次。
5、加等体积氯仿,轻轻混匀,离心5000g×10min ,取上层水相到另一管中。
6 、加1/10体积的3M醋酸钠(pH5.2)和2.5倍体积的无水乙醇,轻轻倒置混匀 。
7、待絮状物出现后,离心5000g×5min ,弃上清液。
8、沉淀用75%乙醇洗涤,离心5000g×3min,弃上清液。
9 、室温下挥发乙醇 ,待沉淀将近透明后加50-100mlTE溶解过夜 。
植物组织中DNA的提取
试验原理:
脱氧核糖核酸(deoxribonucleicacid,DNA)是一切生物细胞的重要组成成分,主要存在于细胞核中 ,盐溶法是提取DNA的常规技术之一。从细胞中分离得到的DNA是与蛋白质结合的DNA,其中还含有大量RNA,即核糖核蛋白。如何有效地将这两种核蛋白分开是技术的关键 。DNA不溶于0.14mol/L的NaCl溶液中,而RNA则能溶于0.14mol/L的NaCl溶液之中 ,利用这一性质就可以将二者从破碎细胞浆液中分开。制备过程中,细胞破碎的同时就有Dnase释放到提取液中,使DNA因被降解而影响得率 ,在提取缓冲液中加入适量的柠檬酸盐和EDTA,既可抑制酶的活性又可使蛋白质变性而与核酸分离,再加入阴离子去垢剂0.15%的SDS ,经过2h搅拌,或用氯仿-异醇除去蛋白,通过离心使蛋白质沉淀而除去 ,得到的是含有核酸的上清液。然后用95%的预冷乙醇即可把DNA从除去蛋白质的提取液中沉淀出来 。
植物DNA的SDS提取法:
试验试剂:
1、研磨缓冲液:称取59.63gNaCl,13.25g柠檬酸三钠,37.2gEDTA-Na分别溶解后合并为一 ,用0.2mol/L的NaOH调至pH7.0,并定容至1000ml。
2、10×SSC溶液:称取87.66gNaCl和44.12g柠檬酸三钠,分别溶解,一起定容至1000ml。
3 、1×SSC溶液:用10×SSC溶液稀释10倍 。
4、0.1×SSC溶液:用1×SSC溶液稀释10倍。
5、Rnase溶液:用0.14mol/LNaCl溶液配制成25mg/ml的酶液 ,用1mol/LHCl,pH至5.0,使用前经80℃水浴处理5min(以破坏可能存在的Dnase)。
6 、氯仿-异戊醇:按24ml氯仿和1ml异戊醇混合。
7、5mol/L高氯酸钠溶液:称取NaClO4.H2O70.23g ,先加入少量蒸馏水溶解再容至100ml 。
8、SDS(十二烷基硫酸钠)化学试剂的重结晶:将SDS放入无水酒精中达到饱和为止,然后在70~80℃的水浴中溶解,趁热过滤 ,冷却之后即将滤液放入冰箱,待结晶出现再置室温下凉干待用。
9 、1mol/LHCl。
10、0.2mol/LNaOH 。
11、二苯胺乙醛试剂:1.5g二苯胺溶于100ml冰醋酸中,添加1.5ml浓硫酸 ,装入棕色瓶,贮存暗处,使用时加0.1ml乙醛液〔浓乙醛:H2O=1:50(V/V)〕。
12、1.0mol/L高酸溶液(HClO4)。
13 、0.05mol/LNaOH 。
14、DNA标准液:取标准DNA25mg溶于少量0.05mol.L-1NaOH中 ,再用0.05mol/LNaOH定容至25ml,后用移溶管吸取此液5ml至50ml容量瓶中,加5.0ml1mol/LHClO4,混合冷却后用0.5mol/LHClO4定容至刻度 ,则得100μg/ml的标准溶液。
实验步骤:
1、称取植物幼嫩组织10g剪碎置研钵中,加10ml预冷研磨缓冲液并加入0.1g左右的SDS,置冰浴上研磨成糊状。
2 、将匀浆无损转入25ml刻度试管中加入等体积的氯仿-异戊醇混合液 ,加上塞子,剧烈振荡30s,转入离心管 ,静置片刻以脱除组织蛋白质 。以4000rpm离心5min。
3、离心形成三层,小心地吸取上层清液至刻度试管中,弃去中间层的细胞碎片、变性蛋白质及下层的氯仿。
4 、将试管置72℃水浴中保温3min(不超过4min) ,以灭活组织的DNA酶,然后迅速取出试管置冰水浴中冷却到室温,加5mol/L高氯酸钠溶液〔提取液:高氯酸钠溶液=4:1(V/V)〕 ,使溶液中高氯酸钠的最终浓度为1mol/L 。
5、再次加入等体积氯仿-异戊醇混合液至大试管中,振荡1min,静置后在室温下离心(4000rpm)5min,取上清液置小烧杯中。
6、用滴管吸95%的预冷乙醇 ,慢慢地加入烧杯中上清液的表面上,直至乙醇的体积为上清液的两倍,用玻璃棒轻轻搅动。此时核酸迅速以纤维状沉淀缠绕在玻璃棒上。
7 、然后加入0.5ml左右的10×SSC ,使最终浓度为1×SSC 。
8、重复第6步骤和第7步骤即得到DNA的粗制品。
9、加入已处理的Rnase溶液,使其最后的作用浓度为50~70μg/ml,并在37℃水浴中保温30min ,以除去RNA。
10 、加入等体积的氯仿-异戊醇混合液,在三角瓶中振荡1min,再除去残留蛋白质及所加Rnase蛋白 ,室温下以4000rpm离心5min,收集上层水溶液 。
11、再按6、7步骤处理即可得到纯化的DNA液。
植物DNA的CTAB提取法:
试验步骤:
1、称取新鲜叶片2-3g,剪碎放入研钵中 ,在液氮中研磨成粉末。
2 、将粉末转移到加有7ml经预热的15×CTAB提取缓冲液15ml离心管中,迅速混匀后置于65℃水浴中,温育30min 。
3、取出离心管,冷却至室温,加入氯仿/异戊醇(24:1) ,充分混匀,室温下2300转离心20min。
4、将上清转移至另一新的15ml离心管中,加入1/10体积10%的CTAB和等体积的氯仿/异戊醇。充分混匀 ,2300rpm离心20min 。
5 、转移上清至另一新的15ml离心管中,加入等体积1%的CTAB沉淀缓冲液,轻轻摇晃至形成DNA絮状沉淀。1000rpm离心10min ,使DNA沉淀于管底。
6、加入1.5-2ml的1mol/LNaCl及5μlRNase置于56℃水浴中过夜 。
7、待DNA完全溶解后,加2-3ml4℃预冷的95%的冰乙醇使DNA沉淀,挑出DNA ,置于15ml离心管中,用70%乙醇清洗30min。
8 、离心机甩5s,倒出70%乙醇 ,再用95%乙醇浸泡5min,倒出95%乙醇,在超净工作台上吹干。
9、将风干的DNA直接在4℃保存备用或溶于100μlTE溶液中于-20℃保存。
细菌DNA的提取方法
针对一些不易于提取的细菌的方法:
试验试剂:
抽提缓冲液:2%CTAB(W/V)2%PVPK25(w/v)(去色素)100mMTris-HCl(pH8.0)
25mMEDTA(pH8.0)2.0MNaCl
10MLiCl
2MLiCl
DEPC-water(抑制RNA酶活性)
3MNaAc(pH5.2)
96%乙醇
70%乙醇
试验步骤:
1、抽提缓冲液65℃预热 。
2 、加菌体到已经预热的缓冲液(700ul)中混匀,65℃ ,10min。
3、加酚/氯仿/异戊醇(25:24:1),振荡,以12,000rpm ,离心10min。
4、取上清,加氯仿/异戊醇(24:1)振荡,以12,000rpm ,离心10min 。
5 、重复再作一次步骤4。
6、加入1/10体积的3M醋酸钠和1.5倍体积的乙醇(或加入等体积的异丙醇),-20C下沉淀。
7、以2,000rpm,离心10min 。
8、弃上清 ,以70%乙醇条洗沉淀,也可以再用100%乙醇洗,然后溶解于100ml水中。
较为常用的细菌DNA提取方法:
实验步骤:
1 、将菌株接种于液体LB培养基 ,37℃震荡培养过夜。
2、取1.5ml培养物12000rpm离心2min 。
3、沉淀中加入567ul的TE缓冲液,反复吹打使之重新悬浮,加入30ul10%SDS和15ul的蛋白酶K,混匀 ,于37℃温育1h.
4 、加入100ul5mol/LNaCl,充分混匀,再加入80ulCTAB/NaCl溶液,混匀后再65℃温育10min。
5、加入等体积的酚/氯仿/异戊醇混匀 ,离心4-5min,将上清转入一只新管中,加入0.6-0.8倍体积的异丙醇,轻轻混合直到DNA沉淀下来 ,沉淀可稍加离心。
6、沉淀用1ml的70%乙醇洗涤后,离心弃乙醇.
真菌DNA提取总结的两种方法:
第一种方法:
试验步骤:
1 、取真菌菌丝0.5g,在液氮中迅速研磨成粉 。
2、加入4mL提取液,快速振荡混匀。
3、加入等体积的4mL的氯仿:异戊醇(24:1) ,涡旋3~5min(此处是粗提没有加酚)。
4 、以4℃,1000rpm,离心5min。
5、上清再用等体积的氯仿:异戊醇(24:1)抽提一次 。以4℃ ,10,000rpm,离心5min。
6、取上清,加入2/3倍体积的-20℃预冷的异丙醇或2.5倍体积的无水乙醇沉淀,混匀,静置约30min。
7 、用毛细玻棒挑出絮状沉淀,用75%乙醇反复漂洗数次,再用无水乙醇漂洗1次,吹干,重悬于500ulTE中 。
8、加入1ulRNaseA(10mg/mL) ,37℃下处理1h。
9、用酚(pH8.0):氯仿:异戊醇(25:24:1)和氯仿:异戊醇(24:1)各抽提1次。以4℃,10,000rpm,离心5min 。
10、取上清 ,加入1/10倍体积的3MNaAc,2.5倍体积的无水乙醇,-70℃沉淀30min以上。
11 、沉淀用75%乙醇漂洗,风干,溶于200ulTE中,-20℃保存备用。
DNA提取液:0.2MTris-HCl(pH7.5) ,0.5MNaCl,0.01MEDTA,1%SDS ,3MNaAc 。
第二种方法:
试验步骤:
1、真菌菌丝0.5-1g,在液氮中迅速研磨成粉。
2、加入3mL65℃预热的DNA提取缓冲液,快速振荡混匀65℃水浴30min,期间混匀2-3次。
3 、加入1mL5MKAc,冰浴20min 。
4、等体积的氯仿:异戊醇(24:1)抽提1次(10,000rpm ,4℃离心5min)。
5、取上清,加入2/3倍体积的-20℃预冷异丙醇,混匀,静置约30min。
6 、用毛细玻棒挑出絮状沉淀,用75%乙醇反复漂洗数次,再用无水乙醇漂洗1次,吹干,重悬于500ulTE中。
7、加入1ulRNaseA(10mg/mL),37℃处理1h 。
8、用酚(pH8.0):氯仿:异戊醇(25:24:1)和氯仿:异戊醇(24:1)各抽提1次。以4℃ ,10,000rpm,离心5min。
9 、取上清,1/10V3MNaAc,2.5V体积的无水乙醇,-70℃沉淀30min以上 。
10、沉淀用75%乙醇漂洗 ,风干,溶于200ulTE中,-20℃保存备用。
植物基因组提取(CATB法)
作者: 时间:2008-05-13 14:26:27 来源: 生物谷 浏览评论
一、实验目的
掌握植物总DNA的抽提方法和基本原理。学习根据不同的植物和实验要求设计和改良植物总DNA抽提方法 。
二 、实验原理
通常采用机械研磨的方法破碎植物的组织和细胞,由于植物细胞匀浆含有多种酶类(尤其是氧化酶类)对DNA的抽提产生不利的影响 ,在抽提缓冲液中需加入抗氧化剂或强还原剂(如巯基乙醇)以降低这些酶类的活性。在液氮中研磨,材料易于破碎,并减少研磨过程中各种酶类的作用。
十二烷基肌酸钠(sarkosyl)、十六烷基三甲基溴化铵(hexadyltrimethyl ammomum bromide ,简称为CTAB)、十二烷基硫酸钠(sodium dodecyl sulfate,简称SDS)等离子型表面活性剂,能溶解细胞膜和核膜蛋白 ,使核蛋白解聚,从而使DNA得以游离出来 。再加入苯酚和氯仿等有机溶剂,能使蛋白质变性,并使抽提液分相 ,因核酸(DNA、RNA)水溶性很强,经离心后即可从抽提液中除去细胞碎片和大部分蛋白质。上清液中加入无水乙醇使DNA沉淀,沉淀DNA溶于TE溶液中 ,即得植物总DNA溶液。
三 、实验材料
水稻幼叶
四、主要配方
2% CTAB抽提缓冲溶液: CTAB 4g NaCl 16.364 g 1M Tris-HCl 20ml( PH8.0) 0.5M EDTA 8ml,先用70ml ddH2O溶解, 再定容至200ml灭菌, 冷却后0.2-1% 2-巯基乙醇 (400ul) 氯仿-异戊醇(24:1):先加96ml氯仿,再加4ml异戊醇 ,摇匀即可 。
五、实验步骤
1. DNA的提取
(1) 2%CTAB抽提缓冲液在65℃水浴中预热。
(2)取少量叶片(约1g)置于研钵中,用液氮磨至粉状;
(3) 加入700ul的2%CTAB抽提缓冲液,轻轻搅动;
(4) 将磨碎液分倒入1.5 ml的灭菌中 ,磨碎液的高度约占管的三分之二;
(5)置于65℃的水浴槽或恒温箱中,每隔10 min轻轻摇动,40 min后取出;
(6)冷却2 min后 ,加入氯仿-异戊醇(24:1)至满管,剧烈振荡2~3 min,使两者混合均匀;
(7)放入离心机中10 000 rpm离心10 min,与此同时 ,将600 ?l的异丙醇加入另一新的灭菌中;
(8) 10 000 rpm离心1 min后,移液器轻轻地吸取上清夜,转入含有异丙醇的内 ,将离心管慢慢上下摇动30 sec,使异丙醇与水层充分混合至能见到DNA絮状物;
(9)10000 rpm离心1 min后,立即倒掉液体 ,注意勿将白色DNA沉淀倒出,将离心管倒立于铺开的纸巾上; (10)60 sec后,直立离心管 ,加入720 ?l的75%乙醇及80 ?l 5 M的醋酸钠,轻轻转动,用手指弹管尖 ,使沉淀与管底的DNA块状物浮游于液体中;
(11)放置30 min,使DNA块状物的不纯物溶解;
(12)10000 rpm离心1 min后,倒掉液体,再加入800 ?l 75%的乙醇 ,将DNA再洗 30 min;
(13)10000 rpm离心30 sec后,立即倒掉液体,将离心管倒立于铺开的纸巾上;数分钟后 ,直立离心管,干燥DNA(自然风干或用风筒吹干);
(14)加入50 ?l 0.5 × TE(含RNase)缓冲液,使DNA溶解 ,置于37℃恒温箱约15 h,使RNA消解;
(15)置于-20℃保存 、备用。
2. DNA质量检测
琼脂糖电泳检测,原理和方法见实验二。
六、 注意事项
(1)叶片磨得越细越好 。
(2)移液器的使用。
(3)由于植物细胞中含有大量的DNA酶 ,因此,除在抽提液中加入EDTA抑制酶的活性外,第一步的操作应迅速 ,以免组织解冻,导致细胞裂解,释放出DNA酶,使DNA降解。
提取植物DNA常用的方法是CTAB法 。原理:CTAB是一种阳离子去污剂,具有从低离子强度溶液中沉淀核酸与酸性多聚糖的特性。在高离子强度的溶液中(>0.7mol/L NaCl) ,CTAB与蛋白质和多聚糖形成复合物,只是不能沉淀核酸。通过有机溶剂抽提,去除蛋白 ,多糖,酚类等杂质后加入乙醇沉淀即可使核酸分离出来 。步骤如下:
1)取材料,加液氮研磨成粉末状 ,迅速移入1.5 ml Eppendorf管中;
(2)加入800 μl的CTAB提取缓冲液,混匀(CTAB在65℃水浴预热),每5min轻轻震荡几次 ,20min后12000 r/min,离心15 min;
(3)小心吸取上清液,加入等体积的酚:氯仿(各400μl)溶液 ,混匀,4℃,12000 r/min,离心10 min;
(4)小心吸取上清液 ,加入等体积的氯仿,混匀,4℃ ,12000 r/min,离心10 min。
(5)重复步骤(4)1-2次,以蛋白层不出现为止;
(6)取上清 ,-20℃沉淀1h,4℃,12000 r/min ,离心10 min;
(7)弃去上清液,用70%乙醇洗涤沉淀2次;
(8)室温下干燥后(一般干燥5-15 min),溶于30-50 μl DEPC去离子水中 ,于-20℃或者-70℃下保存备用。
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